Problém s kopírováním na VPS

Ahoj, byl sem hosterem nucen zřídídit si VPS server. Kupodivu se mi všechny weby podařilo přesunout a rozeběhnout, ale narazil jsem na jeden problém, který vůbec nechápu. Na serveru mám nahrané soubory, které normálně fungují /web běží OK/. Avšak když se připojim přes SCP či přes webftp, soubor upravím /třeba jen vložím mezeru/ a uložím zpět na server tak web přestane běžet /zobrazí se pouze část webu která byla v kódu nad tímto souborem/. Kontroloval jsem kodování souborů, atributy - vše se jeví OK. Když soubor stáhnu do PC není žádným způsobem poškozen. Nemá někdo radu na tedle problém? Díky