Vymazanie premenovaného súbory v Git-e

Zdravím Vás,

viem, že sa toto konkrétne netýka tvorby webu, ale neviem, kam sa obrátiť.
Verzujem súbory pomocou Git-u v Netbeans. Potreboval som premenovať niektoré súbory aplikácie, konkrétne som zmenil iba prvé písmena súboru z malého na veľké. V Netbeans sa mi začali zobrazovať súbory označené ako Deleted, ale myslel som, že to je iba nejaká chyba. Urobil som commit a súbory sa vymazali (tie premenované). Mám ešte ďalšiu zálohu a teda som nahral zálohované súbory na svoje miesta, namiesto vymazaných. Ale Netbeans mi ich stále zobrazuje označené na vymazanie, aj pri ďalšom commite sú označené ako vymazané.
Potom som googlil a dozvedel som sa, že premenovanie súborov robi Git-u dosť veľký problém, ale žiadne použiteľné a funkčné riešenie som sa nedozvedel.
Ako zrušiť označenie súborov ako vymazaných? Prípadne ako v budúcnosti premenovávať súbory, aby to nerobilo problém?

Ďakujem za každú radu.

Ešte by som podotkol, že v Git nie som žiaden expert, používam ho vrámci klikania v Netbeans.

juriad:
Ďakujem za reakciu.
Akurát som to vyriešil cez konzolu. Dal som premenované súbory znova pridať cez git add a potom to už išlo. Zaujímavé ale je, že keď som to robil cez Netbeans, tak to na add nereagovalo, ale cez konzolu áno.
Vyskytol som mi ale ďalší problém a to, že ten commit z konzoly sa mi nedarí pushunuť na remote server. Ešte niečo vyskúšam a prípadne napíšem.

Tak aj problém s Push sa mi podaril vyriešiť (ani sám neviem ako).

juriad:
Mohol by si mi, prosím, vysvetliť rozdiel medzi Index, Working Tree a HEAD? Dosť sa v tom strácam. Googlil som, ale nepochopil :D Akurát, že Head ukazuje na posledný commit?

Ďakujem, preštudujem si to.