správa více webů - hromadné úpravy

Spravuji několik domén a webů. Weby se liší několika soubory a samozřejmě databází (vlastní redakční systém).
adresářová struktura je taková:
/var/www/domenaA.tld/
/var/www/domenaB.tld/
/var/www/domenaC.tld/


A adresářová struktura webu: (nette framework)
/app/models/
/app/presenters/
/app/templates/
/app/bootstrap.php
/app/config.neon

/libs/ (framework)

/www/… dostupný adresář.

=====
A když u nějakého webu změním soubor (opravím chybu, optimalizuji, vylepšuji…) tak chci, aby se změna projevila všude.
To se ale netýká souboru config.neon, adresáře /app/templates a veřejného adresáře /www.

Co s tím? Ani jeden web není hlavní, někdy chybu opravím na webuA, někdy na webuB.

Kopírování souborů (ruční, neautomatické, na něco zapomenu apod)

symlinky (zlobí basedir, framework pak nenachází /templates (protože appdir je fyzicky v jiném adresáře, na localhostu relativní require nefunguje, na hostingu pak nefunguje absolutní require.

GIT jsem nezkoušel.

Jiné možnosti?

Díky za zkušenosti z praxe.. Jak spravovat více webů, běžící na stejném redakčním systému..