Blikající kurzor v inputu i přestože je input překrytý

Mám problém s blikajícím kurzorem v inputu i přestože je input překrytý jiným elementem.
Mám pocit, že to dřív nedělalo, každopádně jsem si toho všiml až teď.
Po kontrole formuláře mi javascript focusuje špatně vyplněný input, celou stránku překryje průhledným backgroundem a zobrazí dialogové okno (mnou vytvořené). Jedná se o div (myslím to okno).
Když scrolluju stránku a okno je nad focusovaným inputem, tak ten kurzor v inputu problikuje přes to okno nad ním. Děje se to jen v IE..

Asi to tak budu muset udělat, když není lepší řešení.. Taky mě to napadlo.