Celková koncepce webu v php

Realizoval jsem několik sofistikovanějších webů, ale bojuji s volbou ideálního postupu při programování - zapouzdření php skriptů. Jak to nazvat: prostě jak udělat nejvhodnější koncepci souborů php:
Zatím jsem vždy využíval jediný index.php a v něm includoval jen několik málo souborů (knihoven funkcí). Často mám problém s headers (nešikovně se umísťují - musím je umísťovat na konce kódu funkcí v knihovně, které tak ztrací na přenositelnosti), pokud jsem se několikrát zaincludoval, tak se při odeslání formuláře nešikovně vrací ke stejnému skriptu přes index a includy(nekolik case prikazu)... , pokud si člověk nedá pozor tak si společné proměnné nechá kupit na začátku indexu a vůbec se mi zdá kód dost nepřehledný.
Na druhou stranu použití více souboru s různými skripty generuje také problémy a duplicitní kód např. xhtml hlavička vložená do každého souboru. Pokud ji realizuji funkcí, musím jí neohrabaně předávat jako parametr title.. atd nehledě na to, že každý soubor začíná a končí řadou includu (záhlaví a zápatí web.stránky)

Jaký model používáte? společný index nebo více souborů nebo je ještě jiná lepší možnost?(třeba mi jen nedošla nějaká jasná věc)
Nějak nejsem schopný si správně navrhnout strukturu souborů, tak abych se nemusel trápit při volání stejné funkce s různých míst, užívání headers (zbavující mě hlášky POSTDATA..) a přitom se snadno na správné místo kódu např. po odeslání formuláře...
..pri programování rozsáhlého webu.

Snad jsem se vyjádřil, alespoň trochu srozumitelně. Děkuji

To by mohlo byt ono, necham si to projit hlavou..

MVC zajímavé, ale pro mě příliš obecné (dost dobře si nedokážu představit, jak by se to aplikovalo - přijde mi, že aplikační a prezentační vrstvy se v php prolínají tak těsně, že je těžké je oddělit). Něco podobného jsem právě měl v hlavě, když jsem začal psát tento dotaz. Ale nevěděl jsem kudy dál. Každopádně děkuji za postrčení, brzy si asi rozšířím obzory směrem phpBase. Máš ještě podobně kvalitní odkazy?